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UniversitÓ degli Studi di Urbino
FacoltÓ di Scienze MM. FF. NN.
Corso di Laurea Specialistica in Biotecnologie
A.A. 2003/2004
Bioinformatica
Docente: Alessandro Bogliolo
alessandro.bogliolo @ uniurb.it
Tel. 0722 4475

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Dispense

Le dispense sono in formato ppt, visualizzabile con Microsoft's PowerPoint, e in formato pdf, visualizzabile con Acrobat reader.

  • Lezione 1: Introduzione.
    Dispensa: [Introduction.ppt]
    (pubblicata il 15/11/2003)
    Dispensa: [BioI-1] [BioI-2] [BioI-3]
    (aggiornata il 9/1/2006)
  • Lezione 2: Concetti di base: teoria dell'informazione, probabilità, algoritmi.
    Dispensa: [Background.ppt]
    (aggiornata il 30/11/2004)
    Esempi (Excel): [prob.zip]
    (pubblicati il 30/11/2004)
    Dispensa: [BioI-5] [BioI-6]
    (aggiornata il 9/1/2006)
  • Lezione 3: Confronto e allineamento tra sequence.
    Dispensa: [Alignment.ppt]
    (pubblicata il 26/11/2003)
    Dispensa: [BioI-7] [BioI-8] [BioI-9] [BioI-10]
    (aggiornata il 9/1/2006)
  • Lezione 4: Allineamento multiplo
    Dispensa: [BioI-12] [BioI-14]
    (aggiornata il 9/1/2006)
  • Lezione 5: Sequenziamento
    Dispensa: [BioI-17] [BioI-18]
    (aggiornata il 9/1/2006)
  • Lezione 6: Primer design
    Dispensa: [Primer_design.ppt]
    (pubblicata il 21/1/2004)
    Dispensa: [BioI-15]
    (aggiornata il 9/1/2006)
  • Lezione 7: Microarray analysis
    Dispensa: [Microarray.ppt]
    (pubblicata il 21/1/2004)
    Dispensa: [BioI-19]
    (aggiornata il 9/1/2006)

Laboratorio

  • Introduzione minima.
    Dispensa: [Lab0.ppt]
    (pubblicata il 26/11/2003)
  • Esercitazione 1: Uso di BioEdit per allineamento di sequenze.
    Allineamenti di coppie di sequenze.
    Allineamenti di sequenze multiple.
    Creazione e consultazione di data base.
    [Software scarcabile dal sito web]
  • Esercitazione 2: Uso di Oligo per il progetto di primer.
    [Versione dimostrativa scarcabile dal sito web]
  • Esercitazione 3: Uso di GenePix per l'analisi di microarrays.
    [Versione dimostrativa scarcabile dal sito web]

Testi consigliati

  • S. A. Krawetz and D. D. Womble editors, Introduction to Bioinformatics - A Theoretical and Practical Approach, Humana Press, 2003. (ISBN 1-58829-064-6)
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, and G. Mitchison, Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids, Cambridge University Press, 1998. (ISBN 0-521-62971-3)

    Esami

    L'esame si articola in tre prove: 1) esercitazione individuale, 2) scritto, 3) orale. Il tema dell'esercitazione individuale deve essere concordato con il docente. Al termine della prova lo studente deve redigere una breve relazione da presentare al docente in sede di esame orale. La prova orale consiste nella discussione della relazione presentata. La relazione puo' essere sottoposta al docente prima dell'esame per avere un parere.
    La prova scritta ha la forma di un test e viene valutata in trentesimi. L'esito della prova condiziona l'ammissione all'orale (l'ammissione richiede almeno 10/30) e constituisce la base per il voto finale (che non verra' in alcun caso abbassato durante l'orale). Durante la prova scritta non sono consultabili libri o appunti.
    La presentazione di una relazione accettabile (giudicata tale dal docente) e' condizione necessaria all'ammissione all'orale.
    La discussione della relazione in sede di orale puo' incrementare il voto finale.
    L'esito positivo dello scritto resta valido per l'intero Anno Accademico.

    Avvisi

    Seminari